تحلیل داده RNA-seq بیوانفورماتیک

با سلام من دو نمونه داده RNA-seq داریم؛ نمونه اول شامل فایل‌های s1\_1.fq.gz و s1\_2.fq.gz و نمونه دوم شامل فایل‌های s2\_1.fq.gz و s2\_2.fq.gz می‌باشد. هدف پیدا کردن مکانی است که توالی NF2 -spacer-mScarlet وارد شده است. سه حالت ممکن وجود دارد: در محل مورد انتظار (ژن NF2): توالی دقیقا در ژنی که انتظار داریم (NF2) قرار گرفته است.در مکانی دیگر از ژنوم (بدون NF2): توالی به صورت تصادفی در بخشی از ژنوم قرار گرفته که شامل ژن NF2 نیست.تنها بخش mScarlet: فقط قسمت mScarlet به تنهایی در ژنوم قرار گرفته است، بدون اینکه سایر اجزای توالی همراه باشند. اگر کسی هست در این زمینه تسلط داره لطفا پیام بدهد تا اطلاعات بیشتری اگر لازمه دارد در اختیارش قرار بدهم